Dear Colleague
I used below command to import demultiplexed fastq,qz files. but it gave me error message.
$ qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-path Zubi_manifest_4.csv --output-path paired-end-demux.qza --input-format PairedEndFastqManifestPhred33
There was a problem importing Zubi_manifest_4.csv:
Zubi_manifest_4.csv is not a(n) PairedEndFastqManifestPhred33 file:
Found header on line 1 with the following labels: ['"sample-id', 'absolute-filepath', 'direction"'], expected: ['sample-id', 'absolute-filepath', 'direction']
I am attaching my manifest file here.
Can you please help me to build this command?
May be I also need to rename --input-format ?
sample-id,absolute-filepath,direction
zr1577-1,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_1_R1.fastq.gz,forward
zr1577-1,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_1_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-2,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_2_R1.fastq.gz,forward
zr1577-2,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_2_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-3,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_3_R1.fastq.gz,forward
zr1577-3,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_3_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-4,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_4_R1.fastq.gz,forward
zr1577-4,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_4_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-5,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_5_R1.fastq.gz,forward
zr1577-5,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_5_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-6,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_6_R1.fastq.gz,forward
zr1577-6,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_6_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-7,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_7_R1.fastq.gz,forward
zr1577-7,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_7_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-8,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_8_R1.fastq.gz,forward
zr1577-8,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_8_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-9,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_9_R1.fastq.gz,forward
zr1577-9,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_9_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-10,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_10_R1.fastq.gz,forward
zr1577-10,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_10_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-11,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_11_R1.fastq.gz,forward
zr1577-11,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_11_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-12,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_12_R1.fastq.gz,forward
zr1577-12,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_12_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-13,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_13_R1.fastq.gz,forward
zr1577-13,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_13_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-14,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_14_R1.fastq.gz,forward
zr1577-14,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_14_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-15,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_15_R1.fastq.gz,forward
zr1577-15,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_15_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-16,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_16_R1.fastq.gz,forward
zr1577-16,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_16_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-17,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_17_R1.fastq.gz,forward
zr1577-17,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_17_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-18,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_18_R1.fastq.gz,forward
zr1577-18,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_18_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-19,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_19_R1.fastq.gz,forward
zr1577-19,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_19_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-20,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_20_R1.fastq.gz,forward
zr1577-20,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_20_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-21,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_21_R1.fastq.gz,forward
zr1577-21,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_21_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-22,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_22_R1.fastq.gz,forward
zr1577-22,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_22_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-23,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_23_R1.fastq.gz,forward
zr1577-23,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_23_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-24,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_24_R1.fastq.gz,forward
zr1577-24,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_24_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-25,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_25_R1.fastq.gz,forward
zr1577-25,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_25_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-26,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_26_R1.fastq.gz,forward
zr1577-26,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_26_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-27,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_27_R1.fastq.gz,forward
zr1577-27,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_27_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-28,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_28_R1.fastq.gz,forward
zr1577-28,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_28_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-29,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_29_R1.fastq.gz,forward
zr1577-29,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_29_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-30,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_30_R1.fastq.gz,forward
zr1577-30,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_30_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-31,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_31_R1.fastq.gz,forward
zr1577-31,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_31_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-32,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_32_R1.fastq.gz,forward
zr1577-32,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_32_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-33,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_33_R1.fastq.gz,forward
zr1577-33,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_33_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-34,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_34_R1.fastq.gz,forward
zr1577-34,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_34_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-35,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_35_R1.fastq.gz,forward
zr1577-35,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_35_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-36,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_36_R1.fastq.gz,forward
zr1577-36,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_36_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-37,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_37_R1.fastq.gz,forward
zr1577-37,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_37_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-38,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_38_R1.fastq.gz,forward
zr1577-38,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_38_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-39,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_39_R1.fastq.gz,forward
zr1577-39,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_39_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-40,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_40_R1.fastq.gz,forward
zr1577-40,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_40_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-41,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_41_R1.fastq.gz,forward
zr1577-41,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_41_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-42,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_42_R1.fastq.gz,forward
zr1577-42,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_42_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-43,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_43_R1.fastq.gz,forward
zr1577-43,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_43_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-44,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_44_R1.fastq.gz,forward
zr1577-44,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_44_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-45,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_45_R1.fastq.gz,forward
zr1577-45,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_45_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-46,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_46_R1.fastq.gz,forward
zr1577-46,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_46_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-47,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_47_R1.fastq.gz,forward
zr1577-47,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_47_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-48,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_48_R1.fastq.gz,forward
zr1577-48,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_48_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-49,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_49_R1.fastq.gz,forward
zr1577-49,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_49_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-50,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_50_R1.fastq.gz,forward
zr1577-50,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_50_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-51,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_51_R1.fastq.gz,forward
zr1577-51,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_51_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-52,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_52_R1.fastq.gz,forward
zr1577-52,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_52_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-53,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_53_R1.fastq.gz,forward
zr1577-53,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_53_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-54,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_54_R1.fastq.gz,forward
zr1577-54,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_54_R2.fastq.gz,reverse
zr1577-55,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_55_R1.fastq.gz,forward
zr1577-55,/media/sf_qiime2.data/zubi/Zubair_Bats/zr1577_55_R2.fastq.gz,reverse