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So I have removed my original qiime2-2017.12 environment to update from the dada2 issue, and run conda -clean --y all

However, install still errors out, with an error I’ve not seen reported. Please note I have removed a number of lines from the downloading/extracting packages section which completes without errors.

dan@ashtaroth:~$ conda create -n qiime2-2017.12 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.12-conda-linux-64.txt

Downloading and Extracting Packages
asn1crypto 0.22.0: ##################################################### | 100% 
pycparser 2.18: ######################################################## | 100% 
pygments 2.2.0: ######################################################## | 100% 
pyopenssl 17.4.0: ###################################################### | 100% 
pyparsing 2.2.0: ####################################################### | 100% 
pyqt 5.6.0: ############################################################ | 100% 
pysocks 1.6.7: ######################################################### | 100% 
python 3.5.4: ########################################################## | 100% 
python-dateutil 2.6.1: ################################################# | 100% 
pytz 2017.3: ########################################################### | 100% 
pyyaml 3.12: ########################################################### | 100% 
pyzmq 16.0.2: ########################################################## | 100% 
q2-alignment 2017.12.0: ################################################ | 100% 
q2-composition 2017.12.0: ############################################## | 100% 
q2-cutadapt 2017.12.0: ################################################# | 100% 
q2-dada2 2017.12.1: #################################################### | 100% 
q2-deblur 2017.12.0: ################################################### | 100% 
q2-demux 2017.12.0: #################################################### | 100% 
q2-diversity 2017.12.0: ################################################ | 100% 
q2-emperor 2017.12.0: ################################################## | 100% 
q2-feature-classifier 2017.12.0: ####################################### | 100% 
q2-feature-table 2017.12.0: ############################################ | 100% 
q2-gneiss 2017.12.0: ################################################### | 100% 
q2-longitudinal 2017.12.0: ############################################# | 100% 
q2-metadata 2017.12.0: ################################################# | 100% 
q2-phylogeny 2017.12.0: ################################################ | 100% 
q2-quality-control 2017.12.0: ########################################## | 100% 
q2-quality-filter 2017.12.0: ########################################### | 100% 
q2-sample-classifier 2017.12.0: ######################################## | 100% 
q2-taxa 2017.12.0: ##################################################### | 100% 
q2-types 2017.12.0: #################################################### | 100% 
q2-vsearch 2017.12.0: ################################################## | 100% 
q2cli 2017.12.0: ####################################################### | 100% 
q2templates 2017.12.0: ################################################# | 100% 
qiime2 2017.12.1: ###################################################### | 100% 
zlib 1.2.8: ############################################################ | 100% 

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: failed
ERROR conda.core.link:_execute(481): An error occurred while installing package 'conda-forge::click-6.7-py_1'.
FileNotFoundError(2, "No such file or directory: '/home/dan/tools/miniconda3/envs/qiime2-2017.12/bin/python3.5'")
Attempting to roll back.

Rolling back transaction: done

FileNotFoundError(2, "No such file or directory: '/home/dan/tools/miniconda3/envs/qiime2-2017.12/bin/python3.5'")

This leaves the conda environment pretty broken:

dan@ashtaroth:~$ source activate qiime2-2017.12
(qiime2-2017.12) dan@ashtaroth:~$ qiime --help
The program 'qiime' is currently not installed. You can install it by typing:
sudo apt install qiime
(qiime2-2017.12) dan@ashtaroth:~$ source deactivate
dan@ashtaroth:~$ conda env remove -n qiime2-2017.12
EnvironmentLocationNotFound: Not a conda environment: /home/dan/tools/miniconda3/envs/qiime2-2017.12

This is Ubuntu 17.10, conda 4.4.6

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Hey @metagenomes!

Conda 4.4 is the issue. There's a problem with the dependency order resolution that is currently being fixed upstream.

In the meanwhile run this:

conda install conda=4.3

Which will downgrade your conda to the latest version that works with these kind of environment files.

Also because of the broken installation, conda env remove also breaks as you saw:

We'll need to clean up some of that junk ourselves. Run the following before re-running the installation:

rm -r /home/dan/tools/miniconda3/envs/qiime2-2017.12

Then you should be able to proceed as normal.

Sorry for the inconvenience, let me know if that works!

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